Od 2009., Mirovnu akademiju na različite načine podržavaju četiri partnerske organizacije:
- Centar za ratnu traumu, Novi Sad, Srbija
- Centar za mirovne studije, Zagreb, Hrvatska
- Mirovna akcija, Prilep, Makedonija
- Akcija za nenasilje i izgradnju mira, Gjilan/Gnjilane, Kosovo
Pored gorenavedenih organizacija, također smo surađivali sa sljedećim organizacijama na pojedinačnim projektima:
- Žene u crnom, Beograd, Srbija
- Centar za informativnu dekontaminaciju mladih - Buka, Banja Luka, BiH